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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
04/07/2018 |
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Data da última atualização: |
12/04/2024 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Autoria: |
FERRÃO, L. F. V.; FERRÃO, R. G.; FERRÃO, M. A. G.; FONSECA, A. F. A. da.; CARBONETTO, P.; STEPHENS, M.; GARCIA, A. A. F. |
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Afiliação: |
Luis Felipe Ventorim Ferrão, ESALQ; Romário Gava Ferrão, Incaper; Maria Amélia Gava Ferrão, Incaper/Embrapa Café; Aymbiré Francisco Almeida da Fonseca, Incaper/Embrapa Café; Peter Carbonetto, Research Computing Center, University of Chicago; Matthew Stephens, Research Computing Center, University of Chicago; Antonio Augusto Franco Garcia, ESALQ. |
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Título: |
Accurate genomic prediction of Coffea canephora in multiple environments using whole-genome statistical models. |
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Ano de publicação: |
2018 |
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Fonte/Imprenta: |
Heredity, june 2018. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Genomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee. MenosGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cafe conilon. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora; Genomic. |
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Categoria do assunto: |
G Melhoramento Genético |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/item/4674/1/s41437-018-0105-y.pdf
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Marc: |
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520 $aGenomic selection has been proposed as the standard method to predict breeding values in animal and plant breeding. Although some crops have benefited from this methodology, studies in Coffea are still emerging. To date, there have been no studies describing how well genomic prediction models work across populations and environments for different complex traits in coffee. Considering that predictive models are based on biological and statistical assumptions, it is expected that their performance vary depending on how well these assumptions align with the true genetic architecture of the phenotype. To investigate this, we used data from two recurrent selection populations of Coffea canephora, evaluated in two locations, and single nucleotide polymorphisms identified by Genotyping-by-Sequencing. In particular, we evaluated the performance of 13 statistical approaches to predict three important traits in the coffee?production of coffee beans, leaf rust incidence and yield of green beans. Analyses were performed for predictions within-environment, across locations and across populations to assess the reliability of genomic selection. Overall, differences in the prediction accuracy of the competing models were small, although the Bayesian methods showed a modest improvement over other methods, at the cost of more computation time. As expected, predictive accuracy for within-environment analysis, on average, were higher than predictions across locations and across populations. Our results support the potential of genomic selection to reshape traditional plant breeding schemes. In practice, we expect to increase the genetic gain per unit of time by reducing the length cycle of recurrent selection in coffee.
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Biblioteca Rui Tendinha. |
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Data corrente: |
26/12/2019 |
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Data da última atualização: |
14/12/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Publicação em Anais de Congresso |
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Autoria: |
BERNADO, W. de P.; SANTOS, A. R.; RODRIGUES, W. P.; MIRANDA, R. M. dos S. N. de.; RUAS, K. F.; BARONI, D. F.; SILVA, B. V. da; SOUZA, G. A. R. de.; ABREU, D. P.de; BARCELLOS, L. C. de S.; BARCELOS, L. F. T.; KOPPE, T. A.; MACHADO FILHO, J. A.; BAITELLE, D. C.; VERDIN FILHO, A. C.; BRESSAN-SMITH, R.; RAMALHO, J. C.; CAMPOSTRINI, E. |
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Afiliação: |
Wallace de Paula Bernado, UENF; Anne Reis Santos, UENF; Weverton Pereira Rodrigues, UENF; Rosana Maria dos Santos Nani de Miranda, UENF; Katherine Fraga Ruas, UENF; Danilo Força Baroni, UENF; Benjamim Valentim da Silva, UENF; Guilherme Augusto Rodrigues de, UENF; Deivisson Pelegrino de Abreu, UENF; Larissa Crisóstomo de Souza Barcellos, UENF; Leticia Fernantes Tavares Barcelos, UENF; Thiago Amisthá Koppe, UENF; José Altino Machado Filho, Incaper; Diego Corona Baitelle, UENF; Abraão Carlos Verdin Filho, Incaper; Ricardo Bressan-Smith, UENF; José Cochicho Ramalho, LEAF/ISA; Eliemar Campostrini, UENF. |
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Título: |
Efeitos da exclusão da radiação ultravioleta nos pigmentos foliares do cafeeiro. |
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Ano de publicação: |
2019 |
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Fonte/Imprenta: |
In: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 10., 2019, Vitória. Pesquisa, inovação e sustentabilidade dos cafés do Brasil: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café, 2019. |
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Idioma: |
Português |
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Conteúdo: |
Este trabalho teve como objetivo, verificar os efeitos da exclusão da radiação ultravioleta nos pigmentos foliares do cafeeiro, utilizando as espécies Coffea arabica e Coffea canephora. O experimento foi realizado em Campos dos Goytacazes, na Universidade Estadual do Norte Fluminense. Foram utilizadas 32 plantas, de maneira que 16 (oito de cada espécie) foram mantidas em uma mini casa de vegetação, sob placas de policarbonato que filtram radiação UV e as outras 16, em outra mini casa de vegetação, sob placas de vidro que não filtram a radiação UV. Foi feita a mensuração dos comprimentos de onda alcançado nas mini casas de vegetação. Foram determinados os teores de clorofila a (Chl a), clorofila b (Chl b), clorofilas totais (CT) e carotenoides (Car). A partir dessas variáveis, foi possível obter a relação entre a: Chl a/Chl b. Ainda neste experimento, foi quantificado o teor de antocianinas. A exclusão de irradiação ultravioleta na mini casa de vegetação de policarbonato, foi de 70%. Ambos os genótipos avaliados não mostraram diferenças significativas entre si no conteúdo de clorofila a, porém houve uma tendência de menores valores para C. canephora no ambiente de exclusão do ultravioleta. Os padrões de clorofila b foram semelhantes aos de clorofila a, sem haver diferenças entre os ambientes e genótipos. Entretanto, em ambas as condições, C. arabica apresentou uma tendência de valores superiores em relação ao C. canephora. O teor de clorofila total não apresentou diferenças significativas entre os genótipos, porém foram observados menores valores para o C. canephora no ambiente de exclusão. Não houve diferença entre os genótipos para o teor de carotenoides, mas foi observada uma tendência de valores mais altos para ambos no ambiente com a presença de UV. Em relação ao teor de antocianinas, houve uma tendência de maiores valores para ambos os genótipos na presença de UV. Portanto, nossos resultados mostram que na maioria das variáveis avaliadas em C. arabica e C. canephora, não houve diferenças significativas entre os ambientes, o que demonstra a manutenção da concentração de pigmentos foliares em ambas as condições.
This work purpose was to assess the effects of excluding ultraviolet radiation on Coffea sp. leaf pigments, using the species C. arabica and C. canephora. The experiment was realized in Campos dos Goytacazes, at the State University of Northern Fluminense. 32 plants were used, so that 16 (eight of each species) were maintained in a mini greenhouse under polycarbonate plates that filter UV radiation and the others 16 plants were maintained in another mini greenhouse under glass plates that don?t filter UV radiation. The wavelengths reached in the mini greenhouse were measured. Contents of chlorophyll a (Chl a), chlorophyll b (Chl b), total chlorophyll (CT) and carotenoids (Car) was determined. From these variables, it was possible to obtain the relation between the: Chl a⁄Chl b. Still in this experiment, the content of anthocyanin was quantified. The exclusion of ultraviolet radiation in the polycarbonate mini greenhouse was 70%. Both genotypes evaluated showed no significant differences between each other in content of Chlorophyll a, but there was a tendency of lower values to C. canephora in the ultraviolet exclusion environment. The chlorophyll b patterns were similar to chlorophyll a, with no differences between environments or between genotypes. However, under both conditions, C. arabica tended to have higher values compared to C. canephora. The content of total chlorophyll showed no significant differences between genotypes, but lower values to C. canephora in the exclusion environment were observed. There wasn?t difference between genotypes for content of carotenoids, but a tendency of higher values for both in the environment with presence of UV was observed. Regarding the content of anthocyanin, there was a tendency of higher values for both genotypes in the presence of UV. Therefore, our results show that in most variables evaluated in C. arabica and C. canephora, there wasn?t significant differences between the environments, which demonstrates the maintenance of leaf pigments concentration in both conditions. MenosEste trabalho teve como objetivo, verificar os efeitos da exclusão da radiação ultravioleta nos pigmentos foliares do cafeeiro, utilizando as espécies Coffea arabica e Coffea canephora. O experimento foi realizado em Campos dos Goytacazes, na Universidade Estadual do Norte Fluminense. Foram utilizadas 32 plantas, de maneira que 16 (oito de cada espécie) foram mantidas em uma mini casa de vegetação, sob placas de policarbonato que filtram radiação UV e as outras 16, em outra mini casa de vegetação, sob placas de vidro que não filtram a radiação UV. Foi feita a mensuração dos comprimentos de onda alcançado nas mini casas de vegetação. Foram determinados os teores de clorofila a (Chl a), clorofila b (Chl b), clorofilas totais (CT) e carotenoides (Car). A partir dessas variáveis, foi possível obter a relação entre a: Chl a/Chl b. Ainda neste experimento, foi quantificado o teor de antocianinas. A exclusão de irradiação ultravioleta na mini casa de vegetação de policarbonato, foi de 70%. Ambos os genótipos avaliados não mostraram diferenças significativas entre si no conteúdo de clorofila a, porém houve uma tendência de menores valores para C. canephora no ambiente de exclusão do ultravioleta. Os padrões de clorofila b foram semelhantes aos de clorofila a, sem haver diferenças entre os ambientes e genótipos. Entretanto, em ambas as condições, C. arabica apresentou uma tendência de valores superiores em relação ao C. canephora. O teor de clorofila total não apresentou dif... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Café arabica; Café conilon; Clorofila; Estresse; UVA; UVB. |
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Thesagro: |
Cafeicultura; Coffea arabica; Coffea canephora. |
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Thesaurus NAL: |
Coffea canephora var. laurentii. |
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Categoria do assunto: |
-- |
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URL: |
https://biblioteca.incaper.es.gov.br/digital/bitstream/123456789/3965/1/efeitodaexclusaodaradiacao.pdf
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Marc: |
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245 $aEfeitos da exclusão da radiação ultravioleta nos pigmentos foliares do cafeeiro.$h[electronic resource]
260 $aIn: SIMPÓSIO DE PESQUISA DOS CAFÉS DO BRASIL, 10., 2019, Vitória. Pesquisa, inovação e sustentabilidade dos cafés do Brasil: anais... Vitória: Consórcio Pesquisa Café$c2019
520 $aEste trabalho teve como objetivo, verificar os efeitos da exclusão da radiação ultravioleta nos pigmentos foliares do cafeeiro, utilizando as espécies Coffea arabica e Coffea canephora. O experimento foi realizado em Campos dos Goytacazes, na Universidade Estadual do Norte Fluminense. Foram utilizadas 32 plantas, de maneira que 16 (oito de cada espécie) foram mantidas em uma mini casa de vegetação, sob placas de policarbonato que filtram radiação UV e as outras 16, em outra mini casa de vegetação, sob placas de vidro que não filtram a radiação UV. Foi feita a mensuração dos comprimentos de onda alcançado nas mini casas de vegetação. Foram determinados os teores de clorofila a (Chl a), clorofila b (Chl b), clorofilas totais (CT) e carotenoides (Car). A partir dessas variáveis, foi possível obter a relação entre a: Chl a/Chl b. Ainda neste experimento, foi quantificado o teor de antocianinas. A exclusão de irradiação ultravioleta na mini casa de vegetação de policarbonato, foi de 70%. Ambos os genótipos avaliados não mostraram diferenças significativas entre si no conteúdo de clorofila a, porém houve uma tendência de menores valores para C. canephora no ambiente de exclusão do ultravioleta. Os padrões de clorofila b foram semelhantes aos de clorofila a, sem haver diferenças entre os ambientes e genótipos. Entretanto, em ambas as condições, C. arabica apresentou uma tendência de valores superiores em relação ao C. canephora. O teor de clorofila total não apresentou diferenças significativas entre os genótipos, porém foram observados menores valores para o C. canephora no ambiente de exclusão. Não houve diferença entre os genótipos para o teor de carotenoides, mas foi observada uma tendência de valores mais altos para ambos no ambiente com a presença de UV. Em relação ao teor de antocianinas, houve uma tendência de maiores valores para ambos os genótipos na presença de UV. Portanto, nossos resultados mostram que na maioria das variáveis avaliadas em C. arabica e C. canephora, não houve diferenças significativas entre os ambientes, o que demonstra a manutenção da concentração de pigmentos foliares em ambas as condições. This work purpose was to assess the effects of excluding ultraviolet radiation on Coffea sp. leaf pigments, using the species C. arabica and C. canephora. The experiment was realized in Campos dos Goytacazes, at the State University of Northern Fluminense. 32 plants were used, so that 16 (eight of each species) were maintained in a mini greenhouse under polycarbonate plates that filter UV radiation and the others 16 plants were maintained in another mini greenhouse under glass plates that don?t filter UV radiation. The wavelengths reached in the mini greenhouse were measured. Contents of chlorophyll a (Chl a), chlorophyll b (Chl b), total chlorophyll (CT) and carotenoids (Car) was determined. From these variables, it was possible to obtain the relation between the: Chl a⁄Chl b. Still in this experiment, the content of anthocyanin was quantified. The exclusion of ultraviolet radiation in the polycarbonate mini greenhouse was 70%. Both genotypes evaluated showed no significant differences between each other in content of Chlorophyll a, but there was a tendency of lower values to C. canephora in the ultraviolet exclusion environment. The chlorophyll b patterns were similar to chlorophyll a, with no differences between environments or between genotypes. However, under both conditions, C. arabica tended to have higher values compared to C. canephora. The content of total chlorophyll showed no significant differences between genotypes, but lower values to C. canephora in the exclusion environment were observed. There wasn?t difference between genotypes for content of carotenoids, but a tendency of higher values for both in the environment with presence of UV was observed. Regarding the content of anthocyanin, there was a tendency of higher values for both genotypes in the presence of UV. Therefore, our results show that in most variables evaluated in C. arabica and C. canephora, there wasn?t significant differences between the environments, which demonstrates the maintenance of leaf pigments concentration in both conditions.
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650 $aCafeicultura
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Registro original: |
Biblioteca Rui Tendinha (BRT) |
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